Documente !
Tudo que é pago ou dado ao funcionário como benefício deve ser registrado, isso evita problemas jurídicos.
Também as obrigações como salários, horas extras, almoços e passagens, devem ser devidamente registrados.
Cuidado com desvio de função, o funcionário sabe quando tá exercendo uma função diferente da prescrita em seu contrato de trabalho, muitos inclusive documentam, evite problema altere o mais rápido possível.